Juan Antonio Varese nació frente al Río de la Plata, en el montevideano barrio de Punta Carretas, el 11 de junio de 1942.
Su profesión de escribano le enseñó el respeto por la investigación documental, mientras que la afición por la fotografía lo proyectó a estudios iconográficos y de tradiciones populares.

La fascinación por el mar lo impulsó al derrotero de las historias de naufragios, especialmente los ocurridos en el Río de la Plata, el estrecho de Magallanes y el Atlántico Sur.

Publicó De naufragios y leyendas en las costas de Rocha (1993), Las recetas del Valiza (1994), Memorias del tamboril (1996, con Tomás Olivera), Viaje al antiguo Montevideo (1996, con Carlos Menck Freire), Memorias de José M. Silva, el fotógrafo de Gardel (1997) y Memorias de Aguas Dulces, Valizas y cabo Polonio (1998, con H. Ochoa).
Es miembro de número de la Academia Uruguaya de Historia Marítima y Fluvial, donde ha presentado «Montevideo desde el mar. Iconografía de los siglos XVIII y XIX», «Puertos del departamento de Soriano», «Puerto de La Paloma» y «Naufragios y percances en la bahía de Maldonado».
Actualmente investiga los naufragios, epopeyas y tragedias ocurridos en el Atlántico Sur (desde las costas de Brasil hasta la Patagonia y Tierra de Fuego) y en las costas del sur de Chile, sobre el océano Pacífico.